葛氏治学是非常讲求实用的，他敢于对前世医学家，诸如张仲景、华佗，以及对《黄帝内经》的一些看法提出异议，认为他们的著作篇幅浩繁，一些治法不适于一般群众。在此思想指导下，他作了大量工作，广搜民间简、便、验、廉的治法，多用“率多易得之药，其不获已须买之者，亦皆贱价，草石所在皆有”。这一点，在他的著作中得到了充分的反映。
有关温病学的认识：葛洪在“冬伤于寒，春必病温”及其他有关思想的基础上，明确提出，伤寒学说并不能完全概括一切发热性疾病的发病和治疗规律，还需另立新法，方能应付一些不属伤寒范畴的疾病。他在《伤寒论》麻黄、葛根、桂枝、柴胡、青龙、白虎、四逆等二十余方之外，自行设计了四个应急易得的方子及其它单、验方，补充和发展了《伤寒论》治疗温病的内容。他在急性热病的病因分析上，明确提出温病、时行、伤寒三种，并指出温病与时行、伤寒的区别，主要在于它不是由于一年中天气变化异常所致，而提出，“病气廉挟鬼毒相注，名为温病”的理论，“病气”及“鬼毒”两个概念，不仅包括有传染性的意思，还包括有些尚未被认识的东西（如病毒、细菌等），这对以后温病学派的出现和发展，确实起到了很大的作用。
免疫学的先驱：在葛洪的《肘后备急方》中，关于治疗狂犬咬伤，有这样一段话：“杀所咬犬，取脑敷之，后不复发。”当然，他的这一疗法，是在中医“以毒攻毒”思想指导下提出的，此法施后，若再被狂犬咬伤，是不会再发病的，这种非常朴素的免疫学思想，不仅在当时的历史条件下，是非常可贵的，而且，对以后免疫学的创立和发展，具有重要的作用。
流行病学、寄生虫病学的先驱：《肘后方》记载有肺痨病的传染情况，书上说：害了肺痨病要经年累月才死亡，死了也能传染旁人，甚至传染家族中任何人，所以有人叫这病为尸注病。葛氏还在《肘后备急方》中，提到了六种疟：即疟疾、老疟、温疟、瘴疟、劳疟、疟兼痢，并且提出治疗方法，其中常用者有常山、豆豉、蒜、皂荚、鳖甲等。而更为可贵的是，他提出了应用青蒿抗疟的方法。远在1600年前对传染病便有这样明确的认识，是不可多得的。
葛洪对沙虱病的昆虫媒介“红恙螨”的形态、生活习性以及与沙虱病（恙虫病）的关系，作了大量深入细致的流行病学调查研究工作，并作了科学的记载，他还把沙虱和疥虫作了比较，这说明疥虫的发现，较恙螨还要早，他指出：沙虱以“针挑取虫子，正如疥虫，著爪上映光方见行动也”。恙螨的幼虫与疥虫的外形是非常相似的，疥虫的大小不到一毫米，这在没有放大镜的情况下，能用肉眼观察到，没有科学的态度，是很难进行鉴别的。葛氏对疥虫的描述，要较其它国家对这种虫的认识至少要早八百年。
化学制药的先驱：葛氏一生精于炼丹术，炼丹是化学制药的萌芽。据史书记载，早在公元前四世纪的战国时期，我国就有炼丹方士，秦、汉时，炼丹术得到进一步发展。葛氏总结了秦、汉以前炼丹术的经验，并接触到一些重要的化学原理。他接触的化学药物是比较多的，仅其著作中提到的就有汞、硫、铝丹、雄黄、雌黄等二十多种矿物药，还有很多不纯的无机物，如石胆（碳酸钙）、矾（明矾）、石膏等，对每味药的化学特点、产地、药用价值，进行了解释；并通过长期地观察和实验研究，认识了一些物质变化的规律。
在《抱朴子?内篇》里，我们可以发现，葛洪曾做过汞与丹砂还原变化的实验。他在书中说：“丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂”。丹砂，又叫朱砂，就是红色的硫化东，将它加热后，分解出汞（水银）；汞再与硫化合，又生成红色硫化汞。这可能是人类最早用化学合成法制成的产品之一，是炼丹术在化学上的一大成就。葛洪还在实验中发现了多种有医疗价值的化合物或矿物药。至今，中医外科普遍使用的“升丹”、“降丹”，正是葛洪在化学实验中得来的药物。葛洪的炼丹术，后来传到了西欧，也成了制药化学发展的基石。
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