1、DNA连接酶：主要是连接DNA片段之间的磷酸二酯键，起连接作用，在基因工程中起作用。
2、DNA聚合酶：主要是连接DNA片段与单个脱氧核苷酸之间的磷酸二酯键，在DNA复制中起做用。
3、限制性核酸内切酶：从DNA链的内部进行切割,分为限制性内切酶和非限制性内切酶。
4、DNA修饰酶（DNAmodification enzyme）是指对DNA分子进行修饰的酶，目前基因工程中常用的酶有：碱性磷酸酶、末端转移酶、甲基化酶。
5、反转录酶：依赖于RNA的DNA聚合酶，既可以用DNA为模板，也可以用RNA为模板进行互补链的合成。基因工程中主要功能是利用真核mRNA为模板反转录cDNA，用来建立cDNA文库，进而分离为特定蛋白质编码的基因。
限制酶、DNA连接酶、DNA聚合酶与解旋酶的区别：
| 项目\\种类 | 限制酶 | DNA连接酶 | DNA聚合酶 | 解旋酶 |
| 作用底物 | DNA分子 | DNA分子片段 | 脱氧核苷酸 | DNA分子 |
| 作用部位 | 磷酸二酯键 | 磷酸二酯键 | 磷酸二酯键 | 碱基对间的氢键 |
| 作用结果 | 形成黏性末端或平末端 | 形成重组DNA分子 | 形成新的DNA分子 | 形成单链DNA分子 |
限制酶与DNA连接酶的关系：
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