分为酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌），比如木耳、牛肝菌、香菇、灵芝等。
酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌）的比较：
| 真菌 | ||||
 |  |  | ||
| 不同点 | 形态 | 微小 | 较大 | 大型 |
| 结构 | 有一个大液泡，单细胞生物 | 无大液泡，菌丝连接，多细胞生物 | ||
| 生殖方式 | 主要是出芽生殖，环境恶劣时进行孢子生殖 | 孢子生殖 | ||
| 相同点 | 结构 | 细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核 | ||
| 营养方式 | 异养，腐生 | |||
青霉和曲霉的比较：
| 项目 | 青霉 | 曲霉 |
| 不同点 | 直立菌丝顶端着生孢子的结构呈扫帚状，孢子一般呈青绿色 | 直立菌丝顶端着生孢子的结构呈放射状．孢子随种类不同呈现黄色、褐色、绿色、橙红色或黑色等 |
| 相同点 | 多细胞连接形成的菌丝构成，细胞都有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，营异养腐生，都能产生孢子，靠孢子繁殖 | |
易错点：
误认为细菌和真菌都是有害的
人们常常“谈菌色变”，其实在自然界中，大多数的菌类对人类是有益的，只有少数是有害的。例如，苏云金杆菌、白僵菌可以杀死许多害虫；醋酸菌可用于制醋；乳酸菌可以制泡菜、酸牛奶；制甲烷离不开甲烷菌；根瘤菌可使豆科植物生长良好；有些真菌如各种蘑菇、木耳等大型真菌可以食用。可见，并不是所有的细菌和真菌都是有害的。
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